اقدامات مهم و اساسی در تبدیل به فرقه شدن سازمان مجاهدین از سال ۱۳۶۳ شروع شد که در چندین مرحله به اوج خود و یک ساختار فرقه ای مخوف رسید. هر مرحله همراه با آموزش ها و طی کردن مراحل سختی بود که همه موظف به تغییر اندیشه و بازخوانی خود بودند.
گام اول اعلام انقلاب ایدئولوژیک درونی

اواخر سال ۱۳۶۳، ازدواج سوم مسعود رجوی توسط سازمان به عنوان «انقلاب ایدئولوژیک» اعلام و هدف ارتقای مقام زن به جایگاه رهبری انقلاب نامگذاری شد. رجوی، با پیشبرد بحث آزادی و رهایی زنان، بهانهای برای پیشرفت زنان مطرح کرد که یک زن نیز باید در سطح رهبری قرار گیرد. او ابتدا خود را به عنوان رهبر ایدئولوژیکی و سپس مریم عضدانلو را به عنوان همراه ایدئولوژیکی خود معرفی کرد. سپس از اعضا خواست که مریم عضدانلو را همانند رهبر بپذیرند. مریم رجوی از همسرش، مهدی ابریشمچی، جدا شد و با مسعود رجوی ازدواج کرد. آنها این ازدواج را یک شکستن سنت در راستای ایجاد یک ایدئولوژی جدید که زنان میتوانند از قید اسارت مردان آزاد شوند توصیف کردند!
پس از آن، تغییراتی در ساختار قدرت توسط رجوی اعمال شد. تا قبل از آن، سازمان توسط یک مجموعه از اعضای قدیمی اداره میشد، از جمله علی زرکش، ابراهیم ذاکری، مهدی ابریشمچی، محمد سید المحدثین، مهدی براعی، عباس داوری، محمد حیاتی و… با مسعود رجوی. نقش آنها بسیار مهم بود. این مجموعه، که دفتر سیاسی و مرکزیت نام داشت، پس از واقعه به اصطلاح انقلاب ایدئولوژیک منحل شد. رجوی به گونهای پیش رفت که کنترل سازمان و اعضا را به دست گرفت. ارگانی به نام هیأت اجرایی تشکیل شد که کار این ارگان، همانطور که از نامش پیداست، پیش بردن کارهای اجرایی بود. از آن پس، رجوی تنها تصمیمگیرنده و ابداعکننده خط و خطوط استراتژی و متدولوژی سازمان شد.
به فاصله کمی، اعضای مخالف اخراج یا به حاشیه رانده شدند. رجوی این معادلات جدید را سخت و سنگین برای اعضا توصیف میکرد و در مراسم ازدواج سومش با مریم رجوی اعلام کرد: انقلاب جدید چون کورهگدازانی است و هر کس بایستی از آن عبور کرده و خود را در آن محک بزند. در حالی که به نحو پیچیدهای یک کودتای درون تشکیلاتی انجام شد و خود را سرکرده بلامنازع سازمان معرفی کرد. این اقدام اولین گام بزرگ برای بدست گرفتن تمام قدرت رهبری و پیش بردن آن به سمت فرقهای شدن بود.
گام دوم در سال ۱۳۶۷
پس از شکست سازمان در بزرگترین عملیاتش که نام فروغ جاویدان (مرصاد) بر آن نهاده بود، نیروها با شکست سنگینی مواجه شدند و بیش از نیمی از اعضا کشته و بسیاری مجروح شدند. به دلیل اینکه با محاسبات و برآوردهای نظامی، مقصر اصلی طراح عملیات یعنی رجوی بود و مسئولیت آن همه قربانیان از هر دو طرف به عهده وی بود. او با زیرکی و با ایجاد یک سری بحثهای مغلطهآمیز، مقصر شکست خوردن در این عملیات را کمبودهای ایدئولوژیکی اعضا اعلام کرد.
ابتدا در یک جلسه پنج روزه و سپس ۱۰ روزه جمعبندی گفت از نظر موقعیت تاریخی و سازمانی، در هر صورت این عملیات به هر قیمت بایستی انجام شود و محصول آن یک بیمهنامه تاریخی برای ما است. در مرحله دوم، جلسات آموزشی به نام تنگه و توحید انجام شد که چند ماه ادامه داشت و با آموزش و القا نظراتش میگفت، تمام محاسبات یک جنگ بحثهای کمیت افراد و ادوات نظامی و سلاح نیست، بلکه کیفیت مهم است که با اتکا بر آن میتوان بر دشمن هر چقدر هم که نیرو داشته باشد، پیروز شد. بنابراین، علت اصلی شکست نه نظامی، بلکه ضعفهای ایدئولوژیکی عنوان شد.