در سی و ششمین جلسه دادگاه رسیدگی به جنایات مجاهدین، اسنادی از همکاری فرقه تروریستی مجاهدین با رژیم صهیونیستی به ویژه در جریان جنگ تحمیلی ۱۲ روزه نیز افشا شد. از جمله اسناد مطرح شده نقش اطلاعاتی این فرقه در ترور برخی دانشمندان هسته‌ای و همچنین حمله رژیم صهیونی به بیمارستان ها بود.
در همین رابطه روزنامه تایمز آو اسرائیل، با اشاره به اسناد مطرح شده در دادگاه رسیدگی به جنایات مجاهدین در تهران ، طی گزارش تحلیلی پرده از همکاری های پنهان این رژیم با مجاهدین برداشته است.
روزنامه «تایمز آو اسرائیل» در تحلیلی که به بررسی رویکردهای آینده رژیم صهیونیستی در قبال ایران پرداخته، صراحتاً به نقش مستقیم مجاهدین در وحشت آفرینی و عملیات‌های ایذایی علیه ایران اذعان کرده و نوشته است که این فرقه از سوی موساد بطور کامل تامین مالی و تسلیحاتی شده و در جمع‌آوری اطلاعات، هدف‌گذاری و اقدامات ضد امنیتی همکاری داشته است.
رسانه صهیونیستی: مجاهدین «نیروی نیابتی میدانی» اسرائیل علیه ایران
در بخشی از این گزارش به نقل از مقامات امریکایی و با تائید اسناد دادگاه مجاهدین تاکید شده که همکاری مجاهدین و رژیم صهیونیستی بسیار فراتر از حمله به یک بیمارستان بوده و تائید کرده که عناصر مجاهدین با شناسایی محل تردد و سکونت دانشمندان هسته‌ای کشورمان، اطلاعات دقیق را در اختیار موساد قرار داده‌اند؛ اطلاعاتی که در نهایت برای اجرای عملیات ترور مورد استفاده قرار گرفته است.
همچنین به سابقه این همکاری از سال ۲۰۰۲ اشاره شده که طی آن، مجاهدین برخی تأسیسات هسته‌ای ایران را افشا کردند، افشاگری‌ای که بعدها مشخص شد از سوی منابع اسرائیلی تغذیه شده بود.
این رسانه صهیونیستی ضمن تأکید بر عدم محبوبیت مجاهدین در میان مردم ایران اعتراف کرده که رژیم اسرائیل از این فرقه صرفاً به عنوان یک «نیروی نیابتی میدانی» برای نفوذ و عملیات خرابکارانه در خاک ایران بهره می‌گیرد.
در بخشی از گزارش این رسانه صهیونیستی نوشته شده که « جنگ ۱۲ روزه کارآمدی عملیاتی شگفت‌انگیز مجاهدین را نشان داد. دادگاه کیفری تهران مستند کرد که چگونه عناصر مجاهدین با اطلاعات اسرائیل هماهنگ شده و داده‌های ترافیکی اطراف بیمارستان فارابی کرمانشاه را به تل‌آویو منتقل کردند؛ داده‌هایی که در حمله مرگبار استفاده شد. قاضی امیررضا دهقانی فاش کرد که اسناد و شهادت‌های جدیدِ متهم دوم، نشان‌دهنده همکاری فعال مجاهدین با اسرائیل به‌ویژه در شناسایی و هدف‌گذاری دانشمندان هسته‌ای ایران بوده است. این همکاری فراتر از یک حمله به بیمارستان بود. مقامات آمریکایی تأیید کرده‌اند که مجاهدین «به‌وسیله موساد تأمین مالی، آموزش و تسلیح شده‌اند» تا دانشمندان هسته‌ای ایران را ترور کنند. شبکه عملیاتی آنان توانسته بود «مختصات دقیق» زیرساخت‌های حیاتی، از جمله مراکز امنیتی، نظامی و تحقیقاتی را برای نیروهای اسرائیلی در طول جنگ فراهم کند.
