بر این اساس، نیروهای سازمان تروریستی مجاهدین با همکاری دولت عراق و با پشتیبانی و آموزش ارتش عراق، با ایجاد ارتش به اصطلاح !!!آزادیبخش ملی ایران در سال ۱۳۶۶ عملاً پایان استراتژی مبارزه مسلحانه شهری که از ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ به مدت ۶ سال به عنوان خط مشی سازمان بود را اعلام کردند. بنابراین، شیوه عملیات تروریستی سازمان از شکل شهری و ترورهای انتحاری و جنگ های پارتیزانی در کردستان و جنگ شهری در شهرهای ایران به شکل جنگ های گردانی و حمله به پایگاه های مرزی ایران تغییر کرد. در این راستا پایگاه های نظامی ای نیز به طور رسمی در نزدیکی مرزهای ایران، در اختیار آنها قرار گرفت (۱) که مهمترین آنان عبارت بودند از :
_____________________________
۱. تعداد واقعی قرارگاه ها و پایگاه های این گروهک تروریستی در عراق بیش از این تعداد اعلام شده است. در این میان، تعدادی از این قرارگاه ها که منافقین به عنوان قرارگاه رسمی و مستقل نام می برند در درون پایگاه ها و پادگان های نظامی ارتش عراق بود، و به جز ساختمان های واقع در بغداد، بقیه قرارگاه های منافقین در زمین ها و مناطق وابسته به ارتش یا گارد ریاست جمهوری عراق بوده است.
۱. پایگاه اشرف (مقر اصلی سازمان): در حدود ۱۰۰ کیلومتری مرز غربی ایران و ۱۰۰ کیلومتری شمال بغداد در استان دیاله و ۴۰ کیلومتری شهر خالص؛ این قرارگاه از سال ۱۳۶۵ توسط گارد ریاست جمهوری صدام به منافقین واگذار شده بود.
۲. پایگاه انزلی: در حدود ۱۲۰ تا ۱۳۰ کیلومتری شمال شرقی بغداد و در حدود ۴۰ تا ۶۰ کیلومتری مرز عراق و ایران.
۳. پایگاه بنیاد علوی: در نزدیکی شهر منصوریه در حدود ۶۰ مایلی شمال شرقی بغداد و ۶۰ کیلومتری شمال قرارگاه اشرف.
۴. پایگاه حبیب: در بصره در جنوب عراق و محل استقرار بخشی از نیروهای ارتش صدام در جنوب عراق بود.
۵. پایگاه همایون: در العماره در جنوب شرقی عراق، متعلق به سپاه چهارم ارتش صدام که به طور کامل به سازمان واگذار شده بود.
۶. پایگاه فائزه: در شهر کوت، محل استقرار نیروهای ارتش صدام بود.
۷. پایگاه مرزی (پارسیان، حنیف، سعید محسن): در حدود ۴۰ کیلومتری غرب بغداد؛ این پایگاه اصلیترین قرارگاه فرماندهی سازمان مجاهدین در عراق و اصلی ترین محل استقرار مسعود و مریم رجوی بود که از سال ۱۳۶۶ در اختیار آنان قرار گرفته بود.
۸. قرارگاه بدیع: در ۳۰ کیلومتری غرب بغداد؛ این قرارگاه به توصیه سازمان اطلاعات و امنیت عراق و از طرف گارد ریاست جمهوری به سازمان واگذار شده بود.
۹. قرارگاه جلولا: در ۲۰ کیلومتری شهر جلولا، متعلق به ارتش صدام بوده و بخشی از آن به سازمان واگذار شده بود.
۱۰. قرارگاه دبس: در حاشیه شهر کرکوک قرار داشت که مدتی محل اختفا و نگهداری مهمات سنگین و توپخانه ای آنها بود و زمانی هم به عنوان محل نگهداری اسرا و افراد جدا شده از سازمان، از آن استفاده می شد.
۱۱. قرارگاه ذاکری: این قرارگاه همان محل استقرار فرماندهی سپاه دوم ارتش صدام بود که اگر چه بعد از سقوط صدام به تصرف سازمان درآمد اما از سال ۱۳۶۶ در این محل پایگاه داشتند.
۱۲. قرارگاه ها و پایگاه های شهری (بیش از ۱۵ پایگاه): این پایگاه ها از شمالی ترین ناحیه تا جنوبیترین نقطه عراق واقع شده بود.
۱۳. قرارگاه خیابانی و ضابطی: در خروجی جاده کرکوک به سمت اربیل که از اواخر سال ۱۳۶۴ تا ۱۳۷۰ در اختیار سازمان بود.
۱۴. قرارگاه خانقین: در حاشیه شهر خانقین و متعلق به گارد ریاست جمهوری صدام.
۱۵. قرارگاه مرز اردن: این پایگاه از طرف مأموران امنیتی صدام برای تردد به اردن به سازمان واگذار شده بود.
بدین ترتیب با حمایت مالی و نظامی رژیم بعث عراق، واحدهای کوچک نظامی سازمان به سرعت سازماندهی و تجهیز شدند. منابع سازمان مدعی اند در سال ۱۳۶۶ و ۱۳۶۷ بعد از تأسیس ارتش آزادیبخش، هزاران نفر تلفات به نیروهای ایران وارد ساختند. به رغم اینکه سازمان با ارائه آمارهای اغراق آمیزی مدعی است در عملیات آفتاب، چلچراغ و فروغ جاویدان نیز هزاران نفر از رزمندگان جمهوری اسلامی را به شهادت رسانده است اما عملاً آنان با تلفات فراوانی مجبور به عقب نشینی شدند (۲۲).
سازمان در طول سال های استقرار در عراق با اغراق در آمارهای عملیات نظامی و ترور تلاش داشت به بهانه گسترش این عملیات ها، امکانات بیشتری به دست آورد. بر اساس مصاحبه نشریه الحیات با سرلشکر وفیق السامرایی، یکی از فرماندهان اطلاعات نظامی رژیم بعث عراق، رجوی پس از حضور در عراق ماهیانه علاوه بر تأمین هزینه ها و احتیاجات سازمان بین ۹ تا ۱۰ میلیون دلار از رژیم عراق دریافت می کرد و پیش از جنگ کویت نیز ماهیانه ۲۰ میلیون دینار عراقی از سازمان اطلاعات نظامی (استخبارات) می گرفت (۲۳).
از سوی دیگر، همراه با گسترش فعالیت های نظامی سازمان مجاهدین خلق در عراق در خلال سال های ۱۳۶۵ تا ۱۳۶۷، آنها از طریق شورای ملی مقاومت در اروپا نیز به فعالیت های سیاسی و تبلیغی علیه جمهوری اسلامی ادامه دادند. در این دوره، ساختار سیاسی سازمان توسط مریم رجوی اداره شد و فعالیت های آن به بخش هایی از آمریکا، کشورهای اروپایی، آفریقا و خاورمیانه گسترش یافت.